Sekolah Menengah Kebangsaan Seri Kota Puteri,Johor Bahru mula dibina pada tahun 1999. Ia terletak di lot 31838 Taman Megah Ria,Mukim Plenton Daerah Johor Bahru. Keluasan kawasannya ialah 12,122 ekar.Upacara peah tanah telah diadakan pada 12Mei 1999. Pemaju yang bertanggungjawab dalam pembinaan sekolah ini ialah Syarikat Bandi Hj.Gombri dan keluarga.
Pada 1 September 2000,Pn.Ooi Siew Kuan telah dilantik sebagai penyelaras SMKSKP dan bertanggungjawab dalam urusan penerimaan perabut dan peralatan sekolah. Pada 23Mei 2001,sekolah ini telah diserahkan secara rasmi oleh pemaju kepada jabatan Pendidikan Negeri Johor.
SMK Seri Kota Puteri mula beroperasi pada 1 Jun 2001. Pengetua pertamanya ialah Puan Mindar Kaur Johai yang sebelum ini bertugas di Maktab Sultan Abu Bakar,Johor Bahru. Pendaftaran masuk pelajar yang pertama telah dijalankan pada 16Julai 2001. Kumpulan pelajar inilah yang membentuk nukleus perintis SMK Seri Kota Puteri. Kebanyakan pelajar ini berasal dari SMK Dato' Penggawa Timur,SMK Pasir Gudang dan SMK Permas Jaya. Mulai tahun 2003,kelas sains telah mula ditawarkan pada pelajar tingkatan 4,manakala pada tahun 2004 pula subjek lukisan kejuruteraan ditawarkan.
Pada 22 April 2004,Pn Mindar Kaur Johai bersara wajib dan tempatnya digantikan oleh Pn.Hjh.Norsiah Maasum sebagai pengetua kedua sekolah ini.
Pada 31 Julai 2007,Pn.Hjh.Norsiah bersara pilihan dan tempatnya diisi oleh Tn.Hj.Misti bin Kana (Penolong Pengarah,Pusat Sumber Pendidikan Negeri Johor) sebagai pengetua ketiga sekolah ini pada 16 Oktober 2007.
